La filosofía institucional se fundamenta en la búsqueda del desarrollo integral de los educandos en el conocer, hacer y convivir juntos, el respeto a sus valores y sentimientos, creencias culturales, religiosas, cívica, políticas que propicien la convivencia escolar.
La institución Educativa José María Obando busca formar a estudiantes, docentes, directivos, administrativos y padres de familia en valores humanos, principios democráticos y el fortalecimiento de la voluntad, el carácter, la honestidad, la responsabilidad, la tolerancia, para desarrollar la confianza en sí mismo, la apropiación de los derechos humanos, el ser comunitario y solidario, con capacidad para autocriticarse y aceptar la crítica constructiva.